На сегодняшний день Казахстан стремится к развитию инновационной деятельности, базирующейся на внедрении новых идей, научных знаний, технологий и видов продукции в различные области производства и сферы управления обществом. Зарубежный опыт показывает, что налоговое стимулирование такого рода деятельности значительно повышает их уровень. Поэтому в статье освещаются проблемы налогового стимулирования инновационной деятельности Казахстана. Отсутствие налоговых льгот для внедрения инвестиций именно на поддержку инновационной деятельности компании делает уровень развития инноваций слабым в стране.Выбор мер налогового стимулирования зависит от стратегической определенности видов экономической деятельности, поддерживаемых государством. В связи с этим рассматриваются положения Японии и налоговые льготы применяемые в этой стране, как пример для казахстанской налоговой политики.Приводятся также статистические данные о состоянии инновационной деятельности Казахстана, ее проблемы и причины возникновения.